然而，他卻諷刺地在自己進(jìn)行轉(zhuǎn)生的結(jié)界內(nèi)，被佐助吸收及奪去一切力量，留下一副大蛇軀殼。結(jié)果因自身極其虛弱，不敵佐助的寫輪眼而被佐助吸收，靈魂與力量被完全壓制，雖生猶死。之后，佐助與自己的哥哥鼬戰(zhàn)斗時(shí)，由于查克拉耗盡而釋放出大蛇丸，他重見天日后本欲與鼬一較高下，結(jié)果被自己苦心尋找的十拳劍封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照燒死。

二、大蛇丸死后又被復(fù)活

第四次忍界大戰(zhàn)期間，佐助、重吾、水月將大蛇丸從御手洗紅豆的咒印中復(fù)活，大蛇丸并自兜身上取回了自己的查克拉以及兜在這期間所掌握的情報(bào)，與佐助、水月和重吾一同去尋找“知道一切真相的人”。之后大蛇丸在宇智波一族的南賀神社利用之前留下卷軸的內(nèi)容將被尸鬼封盡封印的自己雙手及前四代火影的靈魂放出，并利用附身在佐助身上的監(jiān)視用白絕施展穢土轉(zhuǎn)生，召喚了前四代火影。

自己則以白蛇形態(tài)逃離因施術(shù)而瀕死的軀體，奪取了具有初代細(xì)胞的白絕身體，并且恢復(fù)了雙臂。大蛇丸在兜的體內(nèi)的這段時(shí)間想通了，連一直學(xué)習(xí)自己生存方式，處心積慮計(jì)劃一切的兜都失敗了，故選擇幫助佐助，想要見證一個不同于自己的人生。

大戰(zhàn)結(jié)束后，由于大蛇丸已醒悟，并且曾在第四次忍界大戰(zhàn)中帶領(lǐng)鷹小隊(duì)剩余成員立過功，所以不用再被列入叛忍名單中，并且被允許在不涉及他人生命安全的情況下繼續(xù)做實(shí)驗(yàn)，但仍需要被歷代火影派人暗中監(jiān)視。