看體色，公鸚鵡魚的顏色較紅，母鸚鵡魚顏色較淡，有的可能為較白的顏色。

還有就是看生殖孔部，公鸚鵡的生孔部官較平滑，母鸚鵡的生殖孔部較大，較突出（因為要產卵嗎）。

還有就是看背鰭、臀鰭和尾鰭，公鸚鵡魚背鰭、臀鰭比較尖和長，有時候能超過尾鰭；母鸚鵡魚較短，一般不超過尾鰭。

鸚鵡魚是不同品種的魚雜交而成，所以公鸚鵡魚沒有生殖能力（和騾子類似），母鸚鵡魚可以和其它品種的魚雜交產卵，進行繁殖。