唐學李的存在成為馬加爵殺人的障礙，因此馬決定先除掉他。2月13日晚，馬加爵趁唐學李不備用石工錘砸向其頭部，殺死唐學李后馬用塑料袋扎住唐的頭部，藏進衣柜鎖好。14日晚，邵瑞杰回到宿舍，因隔壁宿舍同學已經回來他只好回到317室。馬加爵趁其洗腳時用石工錘把他砸死。

15日中午，楊開紅到317室找馬加爵打牌，馬趁機用同一辦法將他殺死。當晚馬加爵到龔博的宿舍，跟龔博說317室打牌三缺一，將其引到317室后殺死。四人的尸體均被馬加爵用黑色塑料袋扎住頭部后放入衣柜鎖住。

據(jù)馬加爵本人事后指稱，當時曾有一廣西老鄉(xiāng)過來找馬加爵打牌，馬加爵曾打算將其殺死，因其曾為馬加爵到飯?zhí)媚蔑?，加上馬加爵覺得他平時對其不錯而沒有動手。15日當天，馬加爵到云南省工商銀行匯通支行學府路儲蓄所分兩次提取了350元和100元人民幣現(xiàn)金。殺死4人后，馬加爵在2月17日帶著現(xiàn)金和自 己之前制作的假身份證乘坐火車離開。在火車站他的假身份證被警察查到，但由于其案情還未被發(fā)現(xiàn)，他得以逃脫并乘坐到廣州的火車離開。

2004年2月23日中午13時18分，結束寒假剛返校不久的云南大學北院鼎鑫學生公寓6幢317室兩名學生感覺宿舍有異味，遂一起打掃衛(wèi)生，發(fā)現(xiàn)本室一衣柜內有液體流出并帶有臭味后，隨即向學校宿舍報告，保安撬開后發(fā)現(xiàn)四名學生尸體都被藏在宿舍內的四個衣柜里，校方隨即向昆明市公安局報警。