被子植物的化石在白堊紀(jì)（1.36~0.9億年）爆發(fā)性地大量出現(xiàn)，許多人弄不清原因，如達(dá)爾文就說(shuō)：“被子植物的起源簡(jiǎn)直是可惡的神秘事物”。

古生代起源說(shuō)

主要根據(jù)在南非二疊紀(jì)的地層中發(fā)現(xiàn)的舌羊齒（Glossopteris），這種舌羊齒為喬木，單葉互生，單網(wǎng)脈，具有單性的生殖結(jié)構(gòu)，雙氣囊花粉，胚珠生于殼斗。舌羊齒是介于蕨類(lèi)植物和裸子植物的中間類(lèi)型，又被當(dāng)作現(xiàn)代被子植物的起點(diǎn)。Camp, Thomes, Eames主張被子植物起源不遲于古生代的二疊紀(jì)。張宏達(dá)提出的華夏植物區(qū)系理論亦認(rèn)為，有花植物應(yīng)該在泛古大陸Pangaea還未有解體之前就已經(jīng)產(chǎn)生，支持有花植物起源不遲于二疊紀(jì)的觀點(diǎn)。

關(guān)于泛古大陸集合、解體的模式Valentine J. W. （瓦倫?。┖湍?tīng)?Moores E. M.)1972年提出一個(gè)理論，寒武紀(jì)前（5億年前）存在一個(gè)泛古大陸Pangaea I，寒武紀(jì)后這個(gè)泛古大陸解體，在奧陶紀(jì)至志留紀(jì)（4.1~3.5億年）由四個(gè)大陸組成地球：部分北美和部分西歐組成的大陸，歐州和北美組成的大陸，烏拉爾以東和阿爾卑斯以北的亞洲的大陸，以及由非洲、南美、印度、澳洲、南極洲組成的岡（貢）瓦納大陸。二疊紀(jì)～三疊紀(jì)（2.1～1.7億）年又出現(xiàn)了統(tǒng)一的古陸，稱(chēng)為泛古大陸II Pangaea II。不久，（在三疊紀(jì)～侏羅紀(jì)末），泛古大陸延伸到美洲中部赤道韃蒂斯海（古地中海）分裂，侏羅紀(jì)晚期，澳洲和南極洲脫離了岡瓦納大陸的主體。南美陸塊也在白堊紀(jì)末或第三紀(jì)早期離開(kāi)非洲。白堊紀(jì)（1.2億年前）大西洋裂開(kāi)，北美與歐洲分離，岡瓦納解體，印度向東北方向飄移，與勞亞古陸結(jié)合。

從以上的假說(shuō)看，關(guān)于大陸飄移和板塊的學(xué)說(shuō)似乎是有理由的。但是被子植物具有現(xiàn)代意義的花、果化石在白堊紀(jì)以前的地層中沒(méi)有出現(xiàn)，因此大多數(shù)學(xué)者同意被子植物。

中生代起源說(shuō)

在東亞、北美、歐洲等北半球于白堊紀(jì)早期才出現(xiàn)無(wú)可置疑的被子植物化石。支持中生代起源說(shuō)的也包括塔赫他間，我國(guó)的古植物學(xué)家徐仁等。一些在白堊紀(jì)以前發(fā)現(xiàn)的被認(rèn)為屬于被子植物，例如法國(guó)和美國(guó)三疊民地層中出現(xiàn)的“棕櫚”葉Protopalmophyllum，可能屬蘇鐵類(lèi)，英國(guó)和德國(guó)三疊紀(jì)地層中發(fā)現(xiàn)的“闊葉樹(shù)”的葉Phyllites，中能屬于買(mǎi)麻藤目或種子蕨目。東格陵蘭三疊紀(jì)末期的地層中出現(xiàn)顆粒叉網(wǎng)葉Furcula gramulifera最初曾被認(rèn)為可能屬被子植物，后來(lái)被證實(shí)是大羽羊齒一類(lèi)的種子蕨，我國(guó)江西安源、內(nèi)蒙古東勝同時(shí)代的地層也有。從印度侏羅紀(jì)地層中出現(xiàn)的印度同型木Homoxylon，次生木質(zhì)部由梯形管胞組成，有人曾認(rèn)為與木蘭目的昆欄樹(shù)屬、水青樹(shù)屬有關(guān)，后來(lái)證實(shí)是本內(nèi)蘇鐵的次生木質(zhì)部。從三疊紀(jì)地層出現(xiàn)，一直到白堊紀(jì)才滅絕的Caytonia開(kāi)通尼亞，它們的營(yíng)養(yǎng)葉、脈序以及大孢子葉都有些象被子植物，但它們具有單性花，大孢子葉并不閉合，胚珠裸露，與原始的被子植物并無(wú)直接的親緣關(guān)系。

古生代起源說(shuō)。

一般認(rèn)為被子植物起源于中生代末期，不早于白堊紀(jì)，但我國(guó)地質(zhì)學(xué)家潘廣在遼寧侏羅紀(jì)的地層中找到被子植物的化石：胡桃科楓楊屬的果序化石，甚至有單子葉植物的狗尾草，因此被子植物的起源有可能早于白堊紀(jì)。持后一種觀點(diǎn)的學(xué)者認(rèn)為，被子植物不可能一開(kāi)始就具有完善的輸導(dǎo)組織及花果結(jié)構(gòu)，輸導(dǎo)組織的的演化大約需要1億年時(shí)間（張宏達(dá)），被子植物從發(fā)生、發(fā)展到完全取代裸子植物成為地球上的占統(tǒng)治地位的植被，是從漸進(jìn)式的進(jìn)化，積累到一定的階段，引起了跳躍式的發(fā)展，這就是被子植物到白堊紀(jì)早期突然之間大量出現(xiàn)的原因。張宏達(dá)認(rèn)為要經(jīng)過(guò)萌芽階段、適應(yīng)階段、擴(kuò)展階段到全盛階段，認(rèn)為被子植物的起源應(yīng)不晚于三疊紀(jì)。