施肥對(duì)水體的污染包括對(duì)地下水的污染和地表水系的污染兩個(gè)方面。

對(duì)地下水的污染主要是化學(xué)氮肥。因化學(xué)氮肥施入土壤后，在通氣良好的條件下，大多將轉(zhuǎn)化為硝態(tài)氮，而硝酸根離子是帶有負(fù)電荷的，不能被土壤膠體吸附，易隨水淋失至地下水中，從而增加地下水中硝酸鹽的含量，施肥量越高，淋溶至地下水中的硝酸鹽越多。

對(duì)江河湖泊等地表水系的污染則主要是氮肥和磷肥，它們是造成地表水體富營(yíng)養(yǎng)化的主要原因之一，地表水體的富營(yíng)養(yǎng)化是指江河湖泊等地表水中營(yíng)養(yǎng)元素的富集現(xiàn)象。據(jù)報(bào)道，我國(guó)主要的２０個(gè)湖泊水庫中，處于富營(yíng)養(yǎng)化和向富營(yíng)養(yǎng)化方向發(fā)展的已占８５％。氮磷等營(yíng)養(yǎng)成分流失至水體后，使水中藻類大量繁殖，遮蔽陽光，消耗氧氣，使魚類難以生存。在多數(shù)情況下，磷是藻類生長(zhǎng)的限制因素，所以磷對(duì)富營(yíng)養(yǎng)化起著關(guān)鍵的作用。一般認(rèn)為，當(dāng)水體中磷的濃度達(dá)到１０ｍｇ／Ｌ時(shí)即可能產(chǎn)生富營(yíng)養(yǎng)化，但同時(shí)還要看Ｎ／Ｐ，當(dāng)Ｎ／Ｐ大于４～５時(shí)，限制因素可能是氮，磷濃度的升降對(duì)富營(yíng)養(yǎng)化作用較小。還應(yīng)當(dāng)指出的是，因水體的用途不同，富營(yíng)養(yǎng)化的標(biāo)準(zhǔn)也是不同的。

農(nóng)田氮磷進(jìn)入地表水體的主要途徑是徑流，１９９３年聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織估計(jì)中國(guó)農(nóng)田進(jìn)入水體的磷為１９．５ｋｇ／ｈｍ２，比美國(guó)高８倍，比印度高８０％。施肥是影響徑流水中氮磷含量的主要因素，它可以使表土中磷集聚較快，同樣也顯著提高徑流中氮磷的濃度，控制徑流是防止水體富營(yíng)養(yǎng)化的有效措施。