有些植物的種子，即使給予適宜的外界條件仍不能萌發(fā)，這主要是由于種子內(nèi)部因素造成的，其原因有以下幾點(diǎn)：

種皮的影響

有些植物，如豆科的豌豆、綠豆、苜蓿等，它們的種子種皮非常厚而堅(jiān)實(shí)，或者種皮外面具有厚而致密的角質(zhì)層覆蓋，成為堅(jiān)硬的保護(hù)層，使種皮不能透水或透水性弱；還有些植物種皮不透氣，外界的氧氣無(wú)法進(jìn)入，種子內(nèi)呼吸產(chǎn)生的二氧化碳又無(wú)法排出，從而抑制了胚的生長(zhǎng)；還有些植物的種子，種皮雖然透氣，但種皮太硬，胚無(wú)法突破種皮，很難萌發(fā)。所以，種皮造成的阻礙是導(dǎo)致種子休眠的重要原因。

胚的影響

有些種子，從外觀看已經(jīng)成熟，但其內(nèi)部在形態(tài)或生理上還尚未發(fā)育完成。胚未成熟所引起的休眠有兩種類型：一種是胚的生長(zhǎng)和組織分化還未完成，離體后種子需要經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的貯藏，胚從胚乳中吸收營(yíng)養(yǎng)，完成生長(zhǎng)和分化，才能達(dá)到完全發(fā)育成熟，如白蠟樹(shù)、人參、銀杏等。另一種是種子的胚在形態(tài)上已完全成熟，但在生理上尚未完全成熟，收獲后需要經(jīng)過(guò)一段時(shí)間，在胚內(nèi)發(fā)生一系列的生理生化變化才能萌發(fā)。種子在休眠期內(nèi)發(fā)生的生理生化過(guò)程，稱為后熟。如蘋(píng)果、黃瓜、桃、小麥和松柏類的種子。

抑制萌發(fā)物質(zhì)的影響

有些植物的果實(shí)或種子中含有抑制種子萌發(fā)的物質(zhì)，抑制萌發(fā)的物質(zhì)包括氫氰酸、有機(jī)酸、植物堿、酚類和脫落酸等。這些物質(zhì)的存在阻礙了種子萌發(fā)的正常代謝活動(dòng)而使種子處于休眠狀態(tài)。