1999年，杭錦旗林業(yè)局委托內(nèi)蒙古自治區(qū)林業(yè)勘察設(shè)計(jì)院對(duì)保護(hù)區(qū)進(jìn)行了全面考察，并在此基礎(chǔ)上編制了保護(hù)區(qū)總體規(guī)劃，同年12月，該規(guī)劃通過(guò)了由內(nèi)蒙古環(huán)保局組織的評(píng)審，并正式上報(bào)自治區(qū)人民政府。2000年，經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府批準(zhǔn)建立“內(nèi)蒙古白音恩格爾自治區(qū)級(jí)自然保護(hù)區(qū)”。2007年被自治區(qū)列為“十一五”期間晉升國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)的重點(diǎn)保護(hù)區(qū)。

二、自然資源概況

1、野生植物資源

（1）植物科屬組成

植物的種類組成是構(gòu)成植被的主體，在保護(hù)區(qū)的植物區(qū)系組成中，以種子植物為主。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，保護(hù)區(qū)內(nèi)有種子植物326種，隸屬50科173屬，其中，被子植物324種，隸屬49科172屬，分別占保護(hù)區(qū)植物科、屬、種數(shù)的98.0{bf}、99.4{bf}、99.4{bf}；裸子植物2種，隸屬1科1屬，分別占科、屬、種數(shù)的2.0{bf}、0.6{bf}、0.6{bf}。

（2）植被類型

保護(hù)區(qū)植物區(qū)系處于亞洲荒漠植物區(qū)——阿拉善荒漠植物省——東阿拉善荒漠州，是處于草原化荒漠地區(qū)。主要的地帶性植被為耐干旱的草原和荒漠植被型。根據(jù)植被分類系統(tǒng)和各級(jí)分類單位的劃分標(biāo)準(zhǔn)，將保護(hù)區(qū)植被劃分為1個(gè)植被型（荒漠植被），2個(gè)植被亞型（灌木荒漠，半灌木、小半灌木荒漠），4個(gè)群系組（典型的灌木荒漠，草原化灌木荒漠，鹽柴類半灌木、小半灌木荒漠，蒿類荒漠）9個(gè)群系（霸王荒漠、白刺荒漠、沙冬青荒漠、綿刺荒漠、四合木荒漠、狹葉錦雞兒荒漠、珍珠柴荒漠、紅砂荒漠、油蒿荒漠）。

（3）保護(hù)植物

根據(jù)《國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)植物名錄》（1984年7月國(guó)務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)批準(zhǔn)公布）和《國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生植物名錄（第一批）》（國(guó)家林業(yè)局、農(nóng)業(yè)部，1999），保護(hù)區(qū)有國(guó)家級(jí)珍稀瀕危保護(hù)植物6種。保護(hù)區(qū)內(nèi)特有種、古老殘遺種及其它瀕危植物共約58種，占保護(hù)區(qū)植物種的17.8{bf}，其中，四合木、半日花、綿刺、沙冬青等植物的珍稀瀕危程度尤為突出。保護(hù)區(qū)有內(nèi)蒙古自治區(qū)保護(hù)區(qū)植物7種，其中，自治區(qū)Ⅱ級(jí)保護(hù)植物1種，自治區(qū)Ⅲ級(jí)保護(hù)區(qū)植物6種。被列入《中國(guó)生物多樣性保護(hù)行動(dòng)計(jì)劃》中植物優(yōu)先保護(hù)名錄的有：半日花、革苞菊、沙冬青、綿刺、四合木等5種。

（4）經(jīng)濟(jì)植物資源

保護(hù)區(qū)蘊(yùn)藏著豐富的植物資源，這些植物資源既是可持續(xù)利用的基礎(chǔ)，為人們提供衣、食、住、行等生存必需品的原料，又是重要的種質(zhì)資源與遺傳基因庫(kù)。

根據(jù)調(diào)查，保護(hù)區(qū)內(nèi)的植物資源，按其經(jīng)濟(jì)用途，可劃分為6大類，即藥用植物資源、纖維、飼料植物資源、食用植物資源、農(nóng)藥植物資源、觀賞植物資源、固沙植物資源。