標(biāo)本館歷史中研院植物所標(biāo)本館由已故的莊燦煬教授創(chuàng)于1961年（時(shí)任本所助理研究員）。次年莊先生赴美深造，所有相關(guān)業(yè)務(wù)旋告停頓。1982年底，彭鏡毅博士恢復(fù)運(yùn)作，并以HAST代號(hào)（Herbarium,InstituteofBotany,AcademiaSinica,Taipei）申請(qǐng)登錄于國(guó)際標(biāo)本館索引（IndexHerbariorum）。彭博士于1995至1999年兼任標(biāo)本館主任；1999年8月至2003年6月由趙淑妙研究員兼任；2003年6月6日起再由彭鏡毅博士兼任。標(biāo)本館現(xiàn)況本館主要搜藏臺(tái)灣（含附屬島嶼）及東亞維管束植物。特殊的搜藏有菊科、秋海棠科、鴨跖草科、珍珠菜屬（報(bào)春花科）、細(xì)辛屬（馬兜鈴科）、魔芋屬（天南星科）、茜草科、地錦屬（大戟科）及茶科。蕨類方面有王弼昭先生所采集的10,000多張標(biāo)本。2000年初朱宇敏博士加入植物所，本館即開始真菌類標(biāo)本之搜藏。

截至2006年10月為止，已鑒定且編號(hào)的搜藏標(biāo)本有113,400余號(hào)，等待交換之復(fù)份標(biāo)本約70,000多張。平均每年增加約5,000號(hào)的標(biāo)本。

本館與世界約30所學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)交換復(fù)份標(biāo)本，以換取東亞（特別是大陸及日本）植物為重點(diǎn)。目前交換對(duì)象除國(guó)內(nèi)各大學(xué)及植物研究機(jī)構(gòu)外，遍及亞洲各國(guó)、美國(guó)、英國(guó)及荷蘭之主要大學(xué)、植物標(biāo)本館、博物館與植物園等。

自1992年起，本館得到中央研究院植物研究所及行政院農(nóng)業(yè)委員會(huì)支持，由彭鏡毅博士研究室及標(biāo)本館同仁執(zhí)行「臺(tái)灣植物資源調(diào)查及數(shù)據(jù)庫建立」計(jì)劃。目的是建立臺(tái)灣植物普查數(shù)據(jù)，提升本土植物種原保護(hù)，搜集環(huán)境影響評(píng)估之?dāng)?shù)據(jù)，并建立數(shù)據(jù)庫于因特網(wǎng)。

自1995年起在中央研究院計(jì)算中心的協(xié)助下，本館研究搜藏之成果已公布于全球因特網(wǎng)，為臺(tái)灣第一個(gè)開放于網(wǎng)絡(luò)上的數(shù)據(jù)庫（有35,000多號(hào)標(biāo)本）。彭鏡毅研究員于1996年編輯出版之「臺(tái)灣維管束植物編碼索引」（農(nóng)委會(huì)贊助）也置于該網(wǎng)站。

中央研究院植物研究所一直持續(xù)進(jìn)行全島采集調(diào)查，重點(diǎn)涵蓋特殊地質(zhì)地區(qū)，即將面臨開發(fā)地區(qū)，鮮少采集地區(qū)，并做季節(jié)性的定期采集。本館標(biāo)本制作嚴(yán)謹(jǐn)，每份標(biāo)本的卷標(biāo)皆有完整的信息。本館資源已獲得國(guó)內(nèi)外植物學(xué)界的重視，累計(jì)約有3650人次參觀、研閱或來函借覽。社會(huì)服務(wù)近年來本館已開放給中小學(xué)生及社會(huì)人士參觀研習(xí)，增進(jìn)國(guó)人對(duì)植物標(biāo)本制作，標(biāo)本館功能、運(yùn)作與搜藏的認(rèn)識(shí)。若有參觀或研習(xí)的需求，請(qǐng)?jiān)谝粋€(gè)月前預(yù)約。