本館由已故的莊燦煬教授創(chuàng)于1961年（時任本所助理研究員）,主要搜藏臺灣（含附屬島嶼）及東亞維管束植物。特殊的搜藏有菊科、秋海棠科、鴨跖草科、珍珠菜屬（報(bào)春花科）、細(xì)辛屬（馬兜鈴科）、魔芋屬（天南星科）、茜草科、地錦屬（大戟科）及茶科。蕨類方面有王弼昭先生所采集的10,000多張標(biāo)本。2000年初朱宇敏博士加入植物所，本館即開始真菌類標(biāo)本之搜藏。截至2006年1月為止，已鑒定且編號的搜藏標(biāo)本有110,000余號，等待交換之復(fù)份標(biāo)本約70,000多張。平均每年增加約5,000號的標(biāo)本。本館與世界約30所學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)交換復(fù)份標(biāo)本，以換取東亞（特別是大陸及日本）植物為重點(diǎn)。目前交換對象除國內(nèi)各大學(xué)及植物研究機(jī)構(gòu)外，遍及亞洲各國、美國、英國及荷蘭之主要大學(xué)、植物標(biāo)本館、博物館與植物園等。

自1995年起在中央研究院計(jì)算中心的協(xié)助下，本館研究搜藏之成果已公布于全球網(wǎng)際網(wǎng)絡(luò)，為臺灣第一個開放于網(wǎng)絡(luò)上的數(shù)據(jù)庫（有35,000多號標(biāo)本）。中央研究院植物研究所一直持續(xù)進(jìn)行全島采集調(diào)查，重點(diǎn)涵蓋特殊地質(zhì)地區(qū)，即將面臨開發(fā)地區(qū)，鮮少采集地區(qū)，并做季節(jié)性的定期采集。本館標(biāo)本制作嚴(yán)謹(jǐn)，每份標(biāo)本的卷標(biāo)皆有完整的信息。