在這個(gè)問題上，就連赫赫有名的植物分類學(xué)家、瑞典自然學(xué)家林奈也感到迷茫。在相當(dāng)長的一段時(shí)間中他認(rèn)為真菌是動(dòng)物，因?yàn)樗谡婢邪l(fā)現(xiàn)了一種與水螅相似的小動(dòng)物。以后，法國生物學(xué)家瓦揚(yáng)針對(duì)學(xué)者們一籌莫展的情況，十分有趣地把真菌稱為“破壞了自然界普遍和諧性的魔鬼杰作”。他說，真菌是植物，可又沒有花，它出現(xiàn)在這個(gè)世界上，似乎就是為了刁難最有天才的研究者。

盡管在真菌的分類上有種種不同的看法，但大部分植物學(xué)家認(rèn)為真菌是植物性的有機(jī)體。比如巴黎植物園的植物學(xué)家杜爾涅福爾認(rèn)為，真菌和地衣應(yīng)歸為一類，并把它們合稱為“無花無果的草藻木”。在真菌研究的歷史上，意大利科學(xué)家密凱利首次打開了通往真菌生活史迷宮的大門。他以出色的研究證明了，真菌是由十分微細(xì)的孢子來傳播繁殖的。從此以后，人類結(jié)束了對(duì)真菌盲目猜想的階段，使研究進(jìn)入到一個(gè)嶄新的更高領(lǐng)域之中。

到了18世紀(jì)，林奈把真菌列為與藻類相鄰的另一個(gè)特殊類目。但是，就在大多數(shù)人認(rèn)為真菌是植物的時(shí)候，不少植物學(xué)家又提出一個(gè)強(qiáng)有力的新觀點(diǎn)。他們認(rèn)為，真菌在地球生命史的早期就已經(jīng)誕生，再加上沒有葉綠素，不能自我制造食物，所以不應(yīng)該屬于植物界，而應(yīng)當(dāng)處于與植物界、動(dòng)物界相并列的第三個(gè)獨(dú)立的特殊的界――真菌界。但是，這一新觀點(diǎn)沒有受到同行們的支持，經(jīng)過反復(fù)多次的激烈爭(zhēng)論，最后還是把真菌列入到植物界。

這樣的情況一直持續(xù)到20世紀(jì)，以前一度被忽視了的觀點(diǎn)又漸漸得到了重視。1909年，俄國科學(xué)家曼萊日柯夫斯基再次提出：在動(dòng)物界和植物界之外成立一個(gè)新的界，即真菌界，里面包括細(xì)菌、藍(lán)綠藻和真菌。

一時(shí)間，其他科學(xué)家對(duì)這種分類法作了許多科學(xué)上的具體論證。他們指出，這互相并列的三界在生活方式上各有特點(diǎn)。它們分別來自于三個(gè)假設(shè)的祖先：原始的寄尸植物；原始的寄養(yǎng)植物；原始的動(dòng)物。后來科學(xué)家們進(jìn)一步提出，生物界可以分為四個(gè)界：裂殖界(細(xì)菌和藻類)；真菌界；植物界；動(dòng)物界。隨著科學(xué)的不斷發(fā)展，現(xiàn)代生物學(xué)專家們采用了最現(xiàn)代化的技術(shù)手段，分別從生物化學(xué)、細(xì)胞學(xué)、遺傳學(xué)等各個(gè)不同的角度來研究真菌。他們發(fā)現(xiàn)，真菌確實(shí)兼有植物體和動(dòng)物組織的特點(diǎn)。例如，真菌能直接進(jìn)行氨交換，在細(xì)胞壁中有幾丁質(zhì)(殼多糖)，貯有肝糖。從這幾個(gè)方面來看，真菌很接近動(dòng)物。但是，根據(jù)真菌的生活方式，細(xì)胞中兼有細(xì)胞壁和細(xì)胞膜的特點(diǎn)，它們又很接近于植物。

那么真菌究竟是植物還是動(dòng)物呢？迄今為止，科學(xué)家們對(duì)這個(gè)問題依然眾說紛壇。在1975年召開的第12屆國際生物學(xué)會(huì)議上，動(dòng)植物學(xué)家們又進(jìn)行了廣泛深入的討論，試圖確定真菌在生物界中的地位，但最后還是沒有得出統(tǒng)一的結(jié)論。不過大部分的真菌學(xué)家認(rèn)為，由于真菌具有這一系列特殊的形態(tài)特征和生理性狀，它還是應(yīng)該屬于與動(dòng)物界、植物界并列的新的界――真菌界。

關(guān)于真菌的歸屬問題，由古至今已爭(zhēng)論了2000多年，雖然到今天還沒有得出一個(gè)完全統(tǒng)一的結(jié)論，但在今后的研究中，對(duì)真菌的認(rèn)識(shí)必然進(jìn)一步加深，那時(shí)真菌的歸屬之謎就會(huì)迎刃而解了。