一般而言，成功的清除對生物多樣性有益，然而，有證據(jù)顯示，如果沒有進行充分的規(guī)劃，清除入侵物種對本地物種和生態(tài)環(huán)境會造成意想不到的影響，這種無意造成的影響有多種類型。如對非目標生物過量噴灑毒藥，將有毒物質(zhì)轉(zhuǎn)移到食物鏈，這都是使用清除手段引起的問題。有些清除手段未取得成功，是因為并未徹底清除目標生物，或者忽視了個體的存在，要么就是沒有采取措施減少清除后再次入侵的可能性。僅僅清除入侵物種也許還不能讓生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)，因為一些入侵物種改變了棲息地的條件，使其不適于本地物種生存。例如，從中東到美國西部的許多地方，入侵性植物Mesembryanthemumcrystallinum和檉柳Tamarixspp.使得土壤鹽度升高，所以對鹽份敏感的本地物種難以再生存。在這種情況下，清除之后就必須采取額外的生境恢復(fù)手段。

成功地清除入侵物種也會產(chǎn)生難以預(yù)料的影響。在有些案例中，清除一種外來物種可以使一種或更多的其它入侵物種建群或增殖。例如，清除外來食草動物使外來植物孳生；清除一種入侵物種會使另一入侵物種的影響提高；如清除外來被捕食者，就會增加外來肉食動物以本地物種為食的可能性；最后，如果清除之后沒有采取進一步的恢復(fù)措施，那么清除入侵植物就會使本地動物賴以生存的棲息地和資源減少。隨著生態(tài)系統(tǒng)中相互作用的入侵種的種類增加，外來物種在入侵后期很大程度上或全部排斥本地物種，并取代其功能作用，更會導(dǎo)致這些料想不到的后果。雖然研究人員開始探尋多種相互作用的入侵物種的內(nèi)在聯(lián)系，但是，極少關(guān)注清除效應(yīng)的內(nèi)在聯(lián)系。

外來檉柳Tamarixspp.灌叢已經(jīng)取代了美國西部干旱地區(qū)的許多本地河邊植被，它們吸收了大量水份，使河道變窄、土壤鹽化、野生動物棲息地退化。

因為檉柳給當?shù)氐囊环N瀕危鳴禽提供了重要的筑巢棲息地，所以其生長的部分區(qū)域內(nèi)的清除計劃一次又一次地推遲。西南部的柳樹蠅虎Empidomaxtrailiiextimus目前減少到不足500個繁殖對，它們一直棲息在美國西南部水邊的楊樹（Populusspp.）和柳樹（Salixspp.）上。城市化、農(nóng)業(yè)、火災(zāi)、引灌和放牧都使得其原棲息地減少，其余的大部分棲息地被檉柳取代，雖然它降低了蠅虎的繁殖成功，但是蠅虎仍需利用這種入侵者，這種入侵者似乎更適于其它一些地區(qū)。

逐步清除檉柳給原生樹種以重新建群的機會和提供取代的棲息地，這對蠅虎將非常有益。但是，檉柳入侵的一些地區(qū)也許再不能生長本地植被，因為水位降低，土壤被鹽化――檉柳控制的結(jié)果――使得本地物種重新建群問題復(fù)雜化。區(qū)域性水澇阻止了一些本地物種重新生長，例如三葉楊，也增加了檉柳再度入侵的可能性。

管理者相信，如果進行規(guī)劃，認真恢復(fù)，清除檉柳對瀕危的蠅虎和其它本地物種都有益。然而，缺乏諸如灌溉和恢復(fù)植被等步驟的不完善的清除行動規(guī)劃可能會失敗，在此過程中也會對瀕危物種造成危害。