除了橫穴和側(cè)墓道，考古人員還在明孝陵寶頂高高的封土堆下發(fā)現(xiàn)了厚厚一層圓潤的鵝卵石。賀云翱介紹，鵝卵石本來應(yīng)當(dāng)出現(xiàn)在低洼的山澗中，它們現(xiàn)在出現(xiàn)在獨龍阜的山頭上只有一個原因——這是人們背上來有意鋪設(shè)的，不僅便于雨水迅速滲透到寶頂排水設(shè)施中流出去，更為重要的是防盜。“這類似于古代一種流沙防盜法，當(dāng)盜墓賊挖開一個洞時，鵝卵石就會從四面八方滾落下來把洞填滿。”賀云翱說。這也是現(xiàn)在連盜掘的痕跡都很難找到的原因。

雖然明孝陵采用了三大有效的盜墓措施，但是如果遇上像東陵大盜孫殿英那樣握有重兵和炸藥的軍閥，也難逃一劫，幸運的是，歷史機緣卻讓明孝陵逃脫了這些大賊的魔爪。賀云翱介紹，雖然明代以后南京城屢經(jīng)戰(zhàn)火，但每個新政權(quán)無一例外地對明孝陵加以保護(hù)。

清朝建立后，通過保護(hù)明孝陵，有效消除了江南地區(qū)的抗清思想。甚至康、乾二帝每次下江南必定要來明孝陵祭拜，康熙還在陵前立了“治隆唐宋”的石碑。洪秀全、孫中山在南京成立政權(quán)后的第一件事也是祭拜明孝陵，以示推翻滿清、恢復(fù)中華的決心。

賀云翱認(rèn)為，明孝陵躲過賊手還有一個重要原因就是它離南京城太近了，只要一有風(fēng)吹草動，城里立即會知道，這讓盜掘活動不可能延續(xù)太長時間，只有無功而返。