在西班牙殖民時代的大部分時間中，農(nóng)村地區(qū)還存在著一種叫做卡西奎的印第安貴族集團，他們就像是印加帝國一樣。這些印第安的貴族們往往都是一個人控制著好幾個村莊，在各種社區(qū)當中都擁有著私人的地產(chǎn)，甚至還擁有支配社區(qū)勞動力和資源的權利。同時，那些卡西奎要負責保護地方宗教和社區(qū)成員的風俗習慣，并成為西班牙殖民當局眼中正規(guī)的印第安人代表，他們還負責調(diào)節(jié)當?shù)剞r(nóng)民與吉拉卡塔、西班牙殖民當局之間所發(fā)生的摩擦。

這些人的地位實際上是比較尷尬的，這些地方政府的官員本身都必須按照西班牙殖民當局的要求確保當?shù)囟愂盏耐瓿珊兔走_職責的實現(xiàn)。當然，他可以依靠吉拉卡塔在當?shù)厣鐓^(qū)完成這些任務，但他本人、他的土地和他的產(chǎn)品永遠不會來自稅收和勞動力的派遣。西班牙殖民當局承認他們的后代繼承其貴族身份，可以以先生和女士相稱，并給他們許多其他特權，使他們與印第安農(nóng)民具有十分巨大的差別。

但是經(jīng)過西班牙3個世紀的殖民統(tǒng)治之后，在西班牙人的強行勒索下，當?shù)赜〉诎操F族的社會地位不斷下降，其中居住在農(nóng)村的許多印第安貴族下降到農(nóng)民身份，如果他們逃亡到城市里，則成為中產(chǎn)階級或者上層階級。雖然安第斯地區(qū)的印第安貴族比美洲其他地區(qū)的印第安貴族存在的時間要長得多，但是在1780年圖帕克·阿瑪魯?shù)挠〉诎踩舜蠡顒雍妥灾螁栴}的推動下他們還是被掃地出門了，因為卡西奎在那場活動和?；手髁x領導人中都充當了重要角色。

盡管僅僅是間接統(tǒng)治，西班牙人最終還是控制了地方政府。在這種情況下，西班牙人將全部農(nóng)村地區(qū)如同城市地區(qū)一樣分散交給西班牙王室官員控制之下的委托人來管理，這種委托人當時叫做“印第安委托人”。這些工資不高的官員負責在不同地區(qū)收取稅款和征集勞動力，并以此維持當?shù)毓俑纳?，同時強迫他們管轄下的印第安居民購買他們進口到農(nóng)村地區(qū)的貨物。

西班牙商品強行出賣給印第安人證明，這些腰纏萬貫的腐敗官員已經(jīng)成為當?shù)赜〉诎踩死^續(xù)憎恨的對象。最后，為了確保美洲的非基督教徒印第安人忠于西班牙王室，王室強行在上秘魯?shù)貐^(qū)建立天主教教會。1538年，第一批西班牙人在美洲定居的同時，一些世俗神職人員和神父為滿足遠征者的需求也來到美洲并開始了對印第安人的皈依活動。

這些世俗神職人員隊伍中很快加入了正規(guī)的傳教神父，他們來自美洲的不同教派，其中有天主教主流派、方濟會派、奧古斯丁派、摩西派，16世紀中期以后又增加了耶穌會派。所有教派的傳教活動都歸庫斯科負責，但利馬為總負責地。但這種制度在1552年發(fā)生了變化，當時在該地區(qū)建立了第一個主教區(qū)，叫作拉普拉塔主教區(qū)，主教住在丘基薩卡，10年后那里成為王室聽證會的所在地。統(tǒng)治教會機構的建立對于上秘魯獨立中心的形成具有至關重要的意義。

與此同時，整個秘魯教會都參與到皈依天主教的活動中來，并從1561年開始召開一系列全秘魯教會會議，這些活動的結果是引導所有正規(guī)的和世俗的神職人員都加人到飯依天主教活動的行列中。1561年的第一屆教會會議命令將天主教基本原則指導手冊翻譯成蓋丘亞語，1582-1583年的第三屬教會會議最終命令在艾瑪拉以及其他地區(qū)發(fā)行一整套天主教教會資料。l584年，在利馬出版了第一套天主教著作，到了17世紀前10年，由耶穌會成員路易·貝托尼和迭戈·托雷斯·魯維奧發(fā)表的全艾瑪拉語法和指南已經(jīng)問世。

這幾乎是在蓋丘亞語天主教基本原則指導手冊、語法和指南出版整整一代人之后才實現(xiàn)的，同時也是由許多不同傳教神父來完成的。益丘亞語甚至在查爾卡斯也占有絕對統(tǒng)治地位，因此，皈依艾瑪拉語的活動后來才開始是完全可以理解的。但這意味著蓋丘亞語早已經(jīng)成為通用語，這是由傳教團推動而形成的，甚至在傳統(tǒng)的高原地區(qū)和河谷地帶也是這樣。這種對下秘魯?shù)貐^(qū)較早關注蓋丘亞語天主教皈依活動說明了在西班牙征服后全部非艾瑪拉語或者非益丘亞語語言在亞普納河谷地區(qū)消失的原因，同時由傳教團帶來的蓋丘亞語所取代。

在其他方面，教會也在積極滲透到艾瑪拉人中。到1582年，拉普拉塔主教已經(jīng)授權科恰班巴的卡西套為紀念圣母而在西班牙征服前的傳統(tǒng)的的喀喀湖艾瑪拉宗教中心地區(qū)建立了天主教兄弟會?？魄“喟托藿耸ツ傅钐?，同時在卡拉布科也修建了這種殿堂，這些殿堂成為皈依天主教活動的突出象征。庫帕卡巴納的圣母殿堂成為該地區(qū)毫無爭議的中心宗教象征。

但是，這種天主教外表并不意味著當?shù)貍鹘y(tǒng)宗教已經(jīng)消失，或者說皈依天主教活動在印第安人中間已經(jīng)取得了普遍成功。在大多數(shù)地區(qū)的私有委托人在16世紀晚期以前一直反對教會神職人員直接與印第安人接觸，甚至在查爾卡斯這樣的教會命令已經(jīng)十分有效的省份也沒有幾個神父，每個“削減城鎮(zhèn)”和比較早的定居點只有一座教堂，絕大多數(shù)印第安人甚至連神父都沒有見過。因此，傳統(tǒng)信仰，特別是與家庭和工作相關的信仰，在很大程度上還保留著，這也是當?shù)丶ㄋ涂ㄎ骺Ｗo行為的表現(xiàn)。

小編認為，天主教還是感覺到自己在西班牙美洲殖民地，已經(jīng)具有國家宗教和維持社會穩(wěn)定的工具。這在很大程度上是因為在16世紀末期，以前反天主教的反叛已經(jīng)在減少，而且到了16世紀末，所有的反叛象征明顯都是高舉著天主教的藏號反對西班牙。過去反叛的宗教象征都是當?shù)氐男叛?，或者是社區(qū)宗教圣物，而現(xiàn)在則變成了深色的庫粕卡巴納圣母成為領導艾瑪拉和益丘亞人反對白人壓迫者的旗幟。