據(jù)《水經(jīng)注》記載，東漢以后，樓蘭嚴重缺水。敦煌的索勒率兵1000人來到樓蘭，又召集鄯善、焉耆、龜茲三國兵士3000人，不分晝夜橫斷注濱河引水進入樓蘭緩解了樓蘭缺水困境。但在此之后，盡管樓蘭人為疏浚河道作出了最大限度的努力和嘗試，但樓蘭古城最終還是斷水了。水資源的缺乏使得人們的衛(wèi)生狀況惡化，抵抗力減弱，于是瘟疫爆發(fā)，樓蘭古城居民為了生存只得棄城出走，留下死城一座。

也有人認為是戰(zhàn)爭摧毀了樓蘭城。作為重地，歷史上匈奴、吐蕃、月氏等國都曾統(tǒng)治樓蘭。在樓蘭城周邊的多處墓地可以看出，在同一區(qū)域同一時期的墓地葬有不同的人種。有可能是樓蘭被占領(lǐng)后，占領(lǐng)者實行了屠城，然后撤離，樓蘭因此慢慢被風沙湮沒。

在肆虐的沙漠風暴中，樓蘭終于被沙丘湮沒了。這種說法的依據(jù)是，國內(nèi)外探險者在樓蘭古城的廢墟中不僅找到了大量珍貴的文獻，還有各種財物，看來樓蘭古城是突然間被廢棄的，但是這里卻沒有戰(zhàn)爭的痕跡。也許，只有瘟疫才能造成十室九空的景象，才能讓人不顧一切地逃離。