孝莊去世后，康熙把孝莊的棺槨停放于慈寧宮，每年還和大臣來慈寧宮祭奠。慢慢成為孝莊的紀念堂。之后有人編造鬼故事，說慈寧宮不干凈，致無人敢入住。

明武宗駕崩，由于武宗死后無嗣，由武宗的堂弟朱厚繼承皇位，也就是嘉靖帝。嘉靖 繼續(xù)之后，武宗的生母還在世，因此就出現(xiàn)了兩位太后。而恰巧兩位太后性格很不合，很難并存，沒有辦法住在一起。嘉靖帝沒有辦法為母親蔣太后修建了最初的不叫 慈寧宮的仁壽宮。

清軍入關(guān)，沿用了明朝習(xí)俗，修繕了慈寧宮，孝莊太后成為清朝入駐慈寧宮的第一人，從此之后慈寧宮就成為太后太妃的專用住所，也就是現(xiàn)在養(yǎng)老院的意思。

現(xiàn)代影視劇和小說里，皇太后一般住在紫禁城中的慈寧宮，事實上自孝莊太后死后，慈寧宮便無人入主，清代最主要的太后寢宮是位于它西側(cè)的壽康宮。

為什么孝莊太后死后，慈寧宮就無人入住了？坊間盛傳是慈寧宮鬧鬼，說晚上看見宮女走動；還有說慈寧宮有一口井白天看是雜草，晚上看可以看到不干凈的東西。這些傳說在宮中越來越玄，以致后來的太后、太妃們都不愿意住在慈寧宮。

事實上是不是這樣呢？

康熙二十六年十二月二十五日（ 1688 年 1 月 27 日）孝莊太后崩 逝，悲痛欲絕的康熙帝，堅持在慈寧宮前院所設(shè)帷帳內(nèi)守孝，還想將孝莊文太后的梓宮久留在慈寧宮內(nèi)，把慈寧宮作為孝莊文太后的 “ 奉殿 ”，這個想法被大臣們勸阻說無先例才作罷。但是孝莊死后，康熙每年都會和大臣一起來慈寧宮祭奠孝莊，時間長了，慈寧宮成了孝莊個人的紀念堂了，所以慈寧宮此后是鮮有人敢住了。