生物的演化中，遺傳物質(zhì)的突變和雜交造成的基因重組，會(huì)引起生物群體中基因頻率的變化。這種變化一般是緩慢的。但在一些特殊情況，突變并積累突變的速度可能會(huì)突然加快，這就有可能在短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生許多新的物種。所以，在寒武紀(jì)突然出現(xiàn)許多新的物種，與達(dá)爾文的進(jìn)化論并不矛盾。

達(dá)爾文認(rèn)為，生物為了適應(yīng)環(huán)境和生存競(jìng)爭(zhēng)而改變的過(guò)程很緩慢，也許要經(jīng)過(guò)許多代的努力才能獲得，而且這種演化也只能一級(jí)一級(jí)往前進(jìn)，如果把生物的演化路線比作一棵樹(shù)，演化的過(guò)程就是由樹(shù)干的一根枝條慢慢向上分叉成兩根枝條，再繼續(xù)分叉成四根枝條……最后形成樹(shù)上許許多多的枝條。所以在寒武紀(jì)一下子冒出這許多或低級(jí)或高級(jí)的生物物種，確實(shí)是達(dá)爾文理論難于解釋的。有人就據(jù)此質(zhì)疑達(dá)爾文的進(jìn)化論。

其實(shí)，寒武紀(jì)的生物大爆發(fā)與達(dá)爾文進(jìn)化論是不矛盾的。自然選擇依然是生物演化的動(dòng)力，如今我們對(duì)生物產(chǎn)生變異和物種形成的機(jī)理的認(rèn)識(shí)較過(guò)去有了很大的進(jìn)步。隨著20世紀(jì)分子生物學(xué)的進(jìn)步，人們認(rèn)識(shí)到生物的演化中，遺傳物質(zhì)（基因和染色體）的突變和雜交造成的基因重組（比如細(xì)菌之間互相交換遺傳物質(zhì)），會(huì)引起生物群體中基因頻率的變化。這種變化一般是緩慢的。但在一些特殊情況，比如環(huán)境劇變、地理隔離等條件下，突變并積累突變的速度可能會(huì)突然加快，這就有可能在短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生許多新的物種甚至新的大類(lèi)。這就像演化樹(shù)的1根枝條上分出的枝條不止2根，而是10根，但演化樹(shù)的基本形式還是沒(méi)變。所以，在寒武紀(jì)突然出現(xiàn)許多新的物種、新的門(mén)類(lèi)，甚至出現(xiàn)比較高等的門(mén)類(lèi)，與達(dá)爾文的進(jìn)化論并不矛盾。這種新的更具說(shuō)服力的進(jìn)化論，稱為“現(xiàn)代綜合進(jìn)化論”。

達(dá)爾文時(shí)期人們?cè)鴮?duì)寒武紀(jì)許多生物門(mén)類(lèi)的突然出現(xiàn)感到困惑，一個(gè)很大的因素是化石記錄不完整。如今，人們?cè)诤浼o(jì)之前的地層中也已經(jīng)陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了許多生物群，如中國(guó)貴州5.8億年前的甕安生物群，說(shuō)明通過(guò)更多的努力，我們能夠找到這些突然出現(xiàn)的生物早期演變的線索。