微生物菌劑可以促進土壤有機質(zhì)的分解。連作障礙會導(dǎo)致土壤中的有機質(zhì)逐漸減少，而微生物菌劑可以分解有機殘渣，釋放營養(yǎng)物質(zhì)，提高土壤肥力，有助于恢復(fù)土壤的生態(tài)平衡。

微生物菌劑可以降低土壤中有害菌的數(shù)量。連續(xù)種植同種蔬菜容易導(dǎo)致土壤中某些病原微生物的大量繁殖，形成病害的“土傳病害”現(xiàn)象。使用微生物菌劑可以改善土壤微生物群落結(jié)構(gòu)，抑制有害微生物的生長繁殖，減少病害的發(fā)生。

微生物菌劑可以增強植物的免疫力。土壤中的微生物與植物之間存在著協(xié)同作用關(guān)系。使用微生物菌劑可以促進植物根系的發(fā)育，增加植物與土壤微生物的互動，提高植物的免疫力，從而減少病蟲害的發(fā)生。